Szlak prowadzi z sanktuarium św. Jakuba w Więcławicach Starych pod słynne „Okno Papieskie” w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich w Krakowie. Przechodzimy przez podmiejskie wsie Zdzięsławice, Książniczki i Bosutów, aby następnie wejść na teren Królewskiego Miasta Krakowa. Średniowieczne centrum Krakowa z Wawelem, Kazimierzem i Krakowem zostało w 1978 r. wpisane na pierwszą listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Przyrodniczego UNESCO. Obecnie w Krakowie funkcjonuje ponad 30 ośrodków pielgrzymkowych i sanktuariów. Na terenie Kazimierza, czyli poza przebiegiem Małopolskiej Drogi św. Jakuba, na wzniesieniu nad zakolem Wisły (obecnie teren niezabudowany, obok placu zabaw na tyłach ulicy Wietora), od średniowiecza do końca XVIII w. znajdował się kościół pw. św. Jakuba Apostoła. W sanktuarium św. Jana Pawła II na Białych Morzach w Krakowie znajduje się kaplica poświęcona św. Jakubowi.